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细胞代谢组学样本处理-代谢组学细胞样本前处理

xinfeng335 2023-12-24 专业五金资讯百科 24 views 0

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大家好,今天小编关注到一个比较有意思的话题,就是关于细胞代谢组学样本处理的问题,于是小编就整理了2个相关介绍细胞代谢组学样本处理的解答,让我们一起看看吧。

(图片来源网络,侵删)

代谢组学的研究都有哪些?

代谢组学是继基因组学和蛋白质组学之后新近发展起来的一门学科,是系统生物学的重要组成部分。

基因组学和蛋白质组学分别从和蛋白质层面探寻生命的活动,而实际上细胞内许多生命活动是与代谢物相关的,如细胞信号(cell signaling),能量传递等都是受代谢物调控的。

代谢组学正是研究代谢组(metabolome)——在某一时刻细胞内所有代谢物的***——的一门学科。

基因与蛋白质的表达紧密相连,而代谢物则更多地反映了细胞所处的环境,这又与细胞的营养状态,药物和环境污染物的作用,以及其它外界因素的影响密切相关。

因此有人认为,基因组学和蛋白质组学能够说明可能发生的事件,而代谢组学则反映确实已经发生了的事情。

新陈代谢网络是十分复杂的网络,特别是人体的代谢网络,一直被认为是最复杂的代谢网络。现在多数信号通路的研究都是集中在代谢网络的一个很小的领域。

基因组学、蛋白组学研究已经揭示了部分调节通路,但是和代谢网络直接相关的是代谢产物。 代谢组学主要研究的是作为各种代谢路径的底物和产物的小分子代谢物(MW<1000)。

其样品主要是尿液,血浆或血清,唾液,以及细胞和组织的提取液。

主要技术手段是核磁共振(NMR ),液-质联用(LC-MS),气-质联用(GC-MS),色谱(HPLC,GC)等。

通过检测一系列样品的谱图,再结合化学模式识别方法,可以判断出生物体的病理生理状态,基因的功能,药物的毒性和药效等,并有可能找出与之相关的生物标志物(biomarker)。

代谢组学怎么筛选差异代谢物质?

代谢组学筛选差异代谢物质一般有以下几个步骤:

1. 样本采集:采集不同生理状态的样本,例如对照组和实验组等。

2. 样本处理:对样本进行预处理,包括样本提取、样本转化、样本清洁、代谢物分离等。

3. 质谱分析:用质谱对样本中的代谢物进行分析,一般采用液质联用或气质联用的技术。

4. 数据处理:将质谱分析的结果进行数据处理,分析不同样本中代谢物的数量和变化趋势。

5. 差异代谢物筛选:利用统计学方法对数据进行分析,筛选出在不同样本中特异性增加或减少的代谢物。常用的方法包括t-test、方差分析(ANOVA)、多重假设校正等。

6. 生物信息学分析:对筛选出的差异代谢物进行生物信息学分析和注释,寻找其代谢途径及生物学功能。

需要注意的是,差异代谢物的筛选过程中需要注意控制误差,如样本预处理和技术重复性等。同时,为了避免漏诊或误诊,建议采用多种方法进行筛选,并对结果进行验证。

代谢组学通常使用统计方法来筛选差异代谢物质。一般来说,可以采用单变量分析(如t检验)或多变量分析(如主成分分析、偏最小二乘法回归等)来鉴定在不同条件下显著变化的代谢物。同时也需要进行多重比较校正和验证实验以保证结果的可靠性。

代谢组学可以通过以下三步骤来筛选差异代谢物质:明确结论+原因+1. 筛选代谢物:第一步是通过代谢组学技术手段如质谱或核磁共振等,对研究对象的生物体液、组织、细胞等进行代谢物的筛选和检测。
2. 鉴定差异代谢物:第二步是对筛选得到的代谢物进行差异分析,确定其中具有显著差异性的分子,这些分子即为差异代谢物。
3. 分析差异代谢物:第三步是对差异代谢物进行结构分析、生物学功能的鉴定和途经分析,深入探究它们在生物学系统中调节和影响的机理,以期更深层次地疾病发生、发展的分子机制。
因此,代谢组学通过上述步骤在分子层面上为疾病的早期诊断、评估和分子机制研究提供了重要工具和手段。

到此,以上就是小编对于细胞代谢组学样本处理的问题就介绍到这了,希望介绍关于细胞代谢组学样本处理的2点解答对大家有用。

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最后编辑于:2023/12/24作者:xinfeng335

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